继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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10.0
艾德·奥尼尔 索菲娅·维加拉 朱丽·鲍温 泰·布利尔 杰西·泰勒·弗格森 艾瑞克·斯通斯崔特 里克·罗德里格兹 诺兰·古德 萨拉·海蓝德 阿芮尔·温特 奥布里·安德森-埃蒙斯 内森·菲利安 杰瑞米·马奎尔